Se você tiver vários hosts virtuais, poderá adicionar proteção por senha a um e não ao outro por meio da seguinte diretiva:
<VirtualHost *:80>
DocumentRoot /www/example1
ServerName www.example1.com
</VirtualHost>
<VirtualHost *:80>
DocumentRoot /www/example1
ServerName www.example1.org
<Directory "/www/example1">
AuthType Basic
AuthName "Protected Site"
AuthUserFile /etc/httpd/passwd
Require user joeuser
</Directory>
</VirtualHost>
Aqui estão mais informações sobre isso: