O instantâneo LVM é necessário se você não puder pausar por alguns minutos executando as VMs durante o procedimento de backup. Se não for crítico para seus aplicativos, para cada VM, você pode congelá-lo quando o procedimento de backup for iniciado, rsync seu disco virtual onde desejar e, por fim, retomá-lo.
O rsync é uma ótima ferramenta, mas considere que manter backups incrementais é geralmente mais "seguro" do que manter uma cópia rsynced diária: eu uso uma combinação de um script de shell para imagens de disco rsync e um servidor de backupcc centralizado que adquire backups incrementais de arquivos VM (internos, não as imagens de disco).