Então, aqui está o problema com magento e várias lojas do que eu encontrei.
O Magento não escala com várias lojas. Eu estava em uma startup de comércio eletrônico que tentava usar o magento para dar lojas a bloggers. Usamos a multi-loja do magento, é claro. Portanto, o problema é que cada item adicionado a uma loja é adicionado a todas as lojas. O modelo de banco de dados do Magento é bom para torná-lo muito flexível, mas não escala bem quando você tem várias lojas. Nós tínhamos cerca de 100 lojas na época com 5x a capacidade de servidor de você e adicionar um único produto levou 90 segundos.
Isso fez com que todos os tipos de coisas ficassem lentas como no checkout. Então sim as configurações do seu servidor estão ok e tudo, mas é um problema de magento.
Analisamos as consultas que foram executadas e algumas delas tinham 9 páginas para check-out e para adicionar um produto.
Desculpe eu não tenho muita ajuda .. mas meu conselho é despejar o magento o mais rápido possível e encontrar outra solução.