Parece um problema de permissão. Copie as permissões do inetpub para a nova pasta e veja se ela está resolvida.
Acabei de instalar o Windows Server 2008 R2 SP1 e configurei o IIS 7.5 para executar o PHP via CGI. Eu tentei fazer um site de teste funcionar criando d: \ www \ test \ index.php, configurando o IIS para executar um site a partir do caminho físico d: \ www \ test e definir o documento padrão como index.php. Eu recebo o seguinte erro:
error: 404 - File or directory not found.
No entanto, quando eu movo index.php para c: \ inetpub \ wwwroot e aponto a localização física, tudo funciona bem.
Qual poderia ser o problema?
Parece um problema de permissão. Copie as permissões do inetpub para a nova pasta e veja se ela está resolvida.