O tunelamento de FTP por meio do SSH adicionará outra camada de sobrecarga ao processo.
Provavelmente, é melhor continuar usando o SFTP.
Talvez você deva tentar trocar seu WinSCP para o modo SCP e ver se ele melhora o desempenho.
Acho o SFTP muito lento no WinSCP, especialmente quando muitos arquivos pequenos precisam ser transferidos. O FTP via túnel SSH será mais rápido?
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