A resposta a esta pergunta é basicamente a mesma dentro ou fora do EC2.
Sem saber mais sobre os detalhes de sua arquitetura e requisitos de aplicativo, eu recomendaria o padrão para que o MySQL fosse colocado em seu próprio servidor.
Aqui está uma boa descrição de algumas das questões a serem consideradas:
http://www.mysqlperformanceblog.com/2006/10/16/should-mysql-and-web-server-share-the-same-box/