Quando o WAS é inicializado, quando uma alteração é feita e, potencialmente, quando um pool de aplicativos é iniciado.
Por padrão, a configuração é lida pelo WAS (Serviço de Ativação de Processos do Windows) sempre que ela é iniciada ou quando uma alteração no Applicationhost.config é detectada.
Em seguida, ele corta essa configuração em arquivos appPoolName.config individuais, protegidos para a Identidade do Pool de Aplicativos individual que precisa lê-los (você pode encontrá-los em inetpub \ temp \ appPools). Isso sempre acontece no disco local, independentemente de onde o Apphost.config raiz foi redirecionado.
Se o Isolamento de Configuração estiver desativado, isso não acontece e não tenho certeza do que acontece:)