Claro, isso não é problema. Não é uma operação de manutenção incomum, você só precisa se certificar de que todos saibam o que está acontecendo (para que eles não tentem usar a partição), e todos os serviços que usam essa montagem estão parados.
Supondo que você não tenha permissões de dispositivo de bloco ímpar, ninguém poderá acessar e modificar o próprio dispositivo de bloco (partição) - assim você não pode danificar o sistema de arquivos. Há poderia , em teoria, ser problemas com usuários tentando fazer coisas com o ponto de montagem enquanto ele está desmontado, mas não deve haver nenhum arquivo lá, e se as permissões do ponto de montagem são são ( root:root ), ninguém (diferente de root, que não deveria ser um problema) poderá gravar no ponto de montagem.
Assim, o único problema restante possível é que os usuários tentam (e falham) escrever e, em seguida, chamam o helpdesk (que você pode gerenciar com notificações apropriadas) e os processos e serviços automatizados que tentam gravar, desabilitando-os o fsck está acontecendo.