Infelizmente não. Nem todos os contadores de desempenho são carregados por meio de um arquivo .INI e, portanto, você ainda poderá acabar com o contador de desempenho corrompido.
O que você pode fazer é tentar lodctr / R primeiro para ver se isso resolve o problema e voltar para a alternativa se isso não resolver o problema. Na primeira ocasião em que tive que fazer isso, executei o comando primeiro, depois (depois disso, nada fixo) executei o KB, depois executei o lodctr / R novamente apenas para ter certeza de que não havia efeitos residuais.