Algo deu errado com a instalação ou com um programa após a conclusão da instalação. Reinstale o sistema operacional.
Eu odeio dividi-lo com você, mas com erros na operação de funções básicas como essa, não há esperança, mas uma instalação limpa. Eu também estaria disposto a apostar que há algum programa anti-vírus no servidor. Certifique-se de que ele seja feito especificamente para o Windows Server e tenha todos os caminhos de exclusão apropriados não apenas para o Windows Server, mas para todos os serviços, funções, recursos e outros aplicativos em execução. Estou suspeitando que algo tenha varrido e tentado consertar alguns arquivos com os quais ele não tem nenhum direito de mexer.
Também é possível que o servidor esteja infectado por um vírus. Essa mensagem de erro é estranhamente comum com infecções por vírus. Execute uma varredura offline do disco rígido. Inicialize com um CD de inicialização do Kaspersky / Avira / ClamAV / Whatever e deixe-o rodar.
Nada de bom pode resultar dessa mensagem de erro, especialmente quando se acessam ferramentas principais como o prompt de comandos ou o gerenciador do servidor. Trave e carregue, porque essa caixa precisa ser destruída.