Eu odeio isso. Eu encontrei o mesmo problema no meu sistema. Parte do problema eu acho que é NetworkManager (NetworkMangler).
Eu fiz o seguinte
echo "nameserver 8.8.8.8" > /etc/resolv.conf
echo "nameserver 8.8.4.4" >> /etc/resolv.conf
chattr +i /etc/resolv.conf
Agora, nada pode mudar, exceto eu. Não resolve o problema da raiz, mas certamente funcionou.
N.B. Você pode substituir /etc/resolv.conf com /var/run/dnsmasq/resolv.conf
Defina e esqueça. Nos servidores, eu não aprovo serviços mexendo com minha configuração. Especialmente se eu tiver configurado um IP estático.
Eu quero estar no controle, droga.