Crie um novo site vinculado a endereços IP "Todos os não atribuídos" para as portas 80 e 5555 e selecione o diretório "CRM" que você referenciou como o diretório base do site. Configure um "Host Header" na ligação da porta 80 para "crm" (e crie um cabeçalho de host para "crm.fully-qualified-domain.com" se quiser que ele também seja acessível com o FQDN). Por fim, crie um registro CNAME na zona DNS do seu domínio para "crm", referindo-se ao nome do computador com Windows SBS Server.
Isso preservará a configuração do site padrão (que você pode precisar para outros serviços - o Local de Trabalho Remoto da Web é o principal em que posso pensar), mas oferece o que você está procurando.
Editar:
Eu tenho alguns minutos enquanto aguardo alguns arquivos para copiar, então pensei em alimentar meu vício no Server Fault ... > smile <
Este é o software Microsoft Dynamics CRM, eh? (Eu consegui isso de ler suas outras perguntas ... eu não tinha olhado lá até este momento). Eu não tenho nenhuma experiência com este software. Eu suspeito que há mais configuração no site que o instalador do produto cria do que apenas apontá-lo em um "diretório base" e deixar o restante das configurações do IIS como padrão. Um esforço de pesquisa bem determinado não está me levando a documentos que descrevam o que fazer se você tiver excluído este site por acidente (o que seria um cenário semelhante), por isso não posso dizer com certeza o que precisa ser feito para criar o site.
Eu suspeito que o IIS 6 pode não estar definindo o nome do documento padrão correto e pode haver alguns problemas de autenticação também (como não permitir o acesso anônimo ao documento padrão para forçar a autenticação). Isso é apenas o meu intestino falando depois de ler as poucas coisas que fiz.
Se este servidor não for produção para qualquer outra função, eu bateria na configuração um pouco mais, concentrando-me em particular em quaisquer logs que a configuração possa gerar, que possam lhe dar algumas pistas de porque não está criando seu site. .