Se você quiser logar como root e ir direto para /var/www
, então provavelmente há uma opção do Filezilla para isso (não faço ideia do que é, parei de usar voluntariamente o FTP há cerca de 10 anos).
/var/www
e, em vez disso, criar usuários não privilegiados que possuam e gerenciem o conteúdo de sites individuais. Mesmo que um servidor hospede apenas um site, é muito melhor que um usuário comum seja o proprietário do conteúdo, e minha preferência pessoal é pelos dados do site residirem no diretório pessoal do usuário.