Dê uma olhada no MS Data Protection Manager se já estiver usando SC e planejando o Hyper-V. É um bom produto de backup. Eu pessoalmente executo isso e uma cópia secundária externa dele para fazer backup do meu servidor DPM primário. Funciona muito bem se você já tem um grande investimento na Microsoft.
Realizar um instantâneo de SAN de uma VM em execução, particularmente com um banco de dados em execução, pode ser questionável na melhor das hipóteses. Sem desativar a VM, você correria o risco de destruir seu banco de dados. Basicamente, o instantâneo seria como se você puxasse o plugue do servidor. Pode funcionar, mas talvez não. Dependeria de suas exigências se isso seria aceitável ou não.