Existe uma maneira muito mais fácil de copiar o conteúdo de um ISO do Windows para USB, vá para link e baixe o Windows 7 USB DVD Download Tool. Como o nome sugere, ele é projetado para o Windows 7, mas, como o Server 2008 R2 e o Windows 7 são essencialmente o mesmo sistema operacional, ele funciona bem.
Observe, no entanto, que no momento há um problema com a instalação do USB usando o carregador de inicialização UEFI, isso só funciona ao instalar usando o BIOS.