O ADAMSync suporta diferentes DNs para DN de origem e destino. Portanto, você pode ter DC = Domínio, DC = Com para origem e O = Domínio, C = US para partição do ADAM como exemplo. Não há problemas aqui.
O que você vai encontrar problemas é sincronizar os dois domínios com a mesma partição. Você não será capaz de ter DC = Domínio1, DC = COM e DC = Domínio2, DC = Org sincronizar com O = Domínio, C = US. Você só pode ter uma dessas fontes sincronizadas com a partição de destino.
O motivo pelo qual você vai encontrar problemas é porque o adamsync precisa armazenar a configuração na partição do ADAM de destino. Você não pode armazenar duas configurações simultaneamente no NC. Nesse caso, se você escolheu DC = Domain1, DC = COM, ele gravará a configuração relevante para fazer essa sincronização. Se você tentar armazenar DC = Domain2, DC = COM, a configuração anterior para DC = Domain1, DC = COM será perdida.
Você tem a opção de fazer / install para o DC = Domain1, DC = COM XML relacionado, em seguida, fazendo um / sync. Próximo / instale o DC = Domain2, DC = COM XML e faça um / sync para isso. Então você continua trocando entre configurações e fazendo / syncs.
Isso funciona, mas IMHO não é elegante. pode servir aos propósitos de alguns.