Mais informações são necessárias, por isso, provavelmente é hora de descobrir o mecanismo de diferença.
Agarre a Ferramenta de Implantação da Web (MSDEPLOY) em microsoft.com e crie um pacote a partir do servidor da Web em funcionamento.
Em seguida, faça um msdeploy -verb: sincronize com -whatif para comparar o pacote com o servidor prod e revele as diferenças na configuração.
Se não houver diferença, eles terão um desempenho idêntico. Não é, então existe um, não é apenas onde você olhou até agora.