Não, você não precisa de uma extensão de esquema para usar a CA de 2008. Consulte Requisitos do esquema do AD para Windows Recursos de PKI .
É melhor usar um subordinado corporativo do que um subordinado independente. No entanto, é comum usar uma CA raiz autônoma.
O PKI é algo que você deve planejar antes de implementar (em vez de tentar atualizar posteriormente). Você pode ser adiada pela quantidade de documentação por aí. No entanto, sugiro que você revise a documentação que começa com o conteúdo no blog AskDS, onde os engenheiros de suporte da Microsoft publicam.
Veja Projetando e implementando uma PKI: Parte I Design e planejamento e outros blogs em série para obter uma boa introdução ao design de sua implementação de corp PKI.