Você precisa definir o diretório B1 e B2 para que eles não herdem suas permissões do diretório A. O diretório A ainda exigirá que os usuários tenham permissões para que eles possam ver os diretórios B1 e B2.
Para fazer isso, para cada um dos B1 e B2, vá para a guia Security
nas propriedades do diretório, clique no botão Advanced
e desmarque Allow inheritable permissions from the parent to propagate to this object and all child objects.
. Defina as permissões necessárias para o diretório e aplique suas alterações.
Agora você deve ter todos os usuários necessários capazes de ler do diretório A e somente os usuários desejados dos diretórios B1 e B2.