Odd - qual repositório este último mostra como estando? Acabei de verificar vários servidores CentOS 5.6 e nós só temos o pacote "php53-5.3.3-1.el5_6.1".
Se você estiver interessado, nós usamos o repositório Webtatic para pacotes mais atualizados do PHP 5.3 (5.3.6). Detalhes disponíveis aqui: link