Uma sugestão seria usar o sistema de arquivos ZFS para armazenar seus bancos de dados e, em seguida, tirar um instantâneo do sistema de arquivos. A abordagem é altamente escalonável, resulta em instantâneos consistentes e não bloqueia o sistema de arquivos por um período de tempo apreciável (menos de um segundo?).
Se os seus servidores estiverem na nuvem da Amazon, você pode considerar o script ec2-consistent-snapshot. Ele funciona bem com sistemas de arquivos XFS e basicamente libera o banco de dados, congela o sistema de arquivos, tira um instantâneo e descongela o sistema de arquivos. Embora talvez não seja totalmente aplicável à sua configuração, o procedimento ainda pode ser relevante.
Ambos os trabalhos acima funcionam no nível do sistema de arquivos, em oposição à execução pelo mySQL.