O Apache é executado como root e, em seguida, é enviado para o usuário do apache. A configuração nproc para o usuário do apache não funcionará, tente aumentar a configuração nproc para todos os usuários:
* soft nproc 8000
Faça isso no arquivo 90-nproc.conf ou comente-o e faça-o no arquivo /etc/security/limits.conf.