Você tem sites ainda configurados para usar o certificado autoassinado? Explore seus hosts virtuais ou apenas renomeie o arquivo do certificado autoassinado para ver se o apache será reiniciado com êxito ou se ocorrerá algum erro ao tentar carregar esse certificado.
Como o @HUB afirmou, é provável que você tenha sucesso em fornecer o certificado correto para clientes que suportam TLS SNI, mas para clientes que não suportam, eles obtêm o primeiro certificado que o Apache carregou para essa porta - que é o autoassinado certificado.