Você precisa definir a senha antes de instalar o MySQL:
# MySQL
ENV MYSQL_PWD Pwd123
RUN echo "mysql-server mysql-server/root_password password $MYSQL_PWD" | debconf-set-selections
RUN echo "mysql-server mysql-server/root_password_again password $MYSQL_PWD" | debconf-set-selections
RUN apt-get -y install mysql-server
Aqui está um exemplo do Dockerfile fazendo isso.