Eu não sei de um utilitário direto, mas você provavelmente pode equipar um com sed e htpasswd , por exemplo
sed -ne "s/\(.*[^ ]\) *\= *\([^ ].*\)/htpasswd -b password_file \"\" \"\"/p"
< svn/conf/passwd > out.sh
para criar um script que gerará o arquivo para você. Não testado, desculpe - não tem apache à mão. Você precisará criar o arquivo de senha primeiro.