Você pode, eu fiz.
Eu tenho nginx com php-fpm ( algumas instruções ), fastcgi-mono-server e perl / cgi. Então eu tenho pure-ftpd (instruções, não usando GUI) e eu posso criar contas ftp (1+) para cada site raiz. Eu tenho um script para isso, mas outros têm mais completos que usam o banco de dados para armazenar as configurações dos usuários mais fácil.
Estrutura de sites:
/srv/www/www.mysite.com/public_html # actual site root and ftp root
/srv/www/www.mysite.com/logs # logs location set on each server