Eu encontrei uma solução. Por alguma razão, o Mac não verificaria o conteúdo da unidade NTFS, como tal eu só posso presumir que houve um erro ou algo parando de funcionar corretamente. Copiei o conteúdo para um stick USB e, em seguida, formatei o HDD externo no formato FAT32 (o Ubuntu não reconheceria o exFAT). Ele agora funciona bem e está fazendo o primeiro backup de 16.04.