Use regras personalizadas de iptables:
iptables -I INPUT -p udp -s IP_A --sport PORT_A -d IP_B --dport PORT_B
iptables -I OUTPUT -p udp -s IP_B --sport PORT_B -d IP_A --dport PORT_A
E, em seguida, sondá-lo em intervalos regulares (a cada segundo? 5 segundos?) anotando as alterações e fazendo os cálculos apropriados.