Você instala esta configuração do debian-installer? Se sim, isso deve ser um bug, que você deve denunciar [1].
Se você mudar seu sistema com alguma ferramenta externa como um live-cd ou outro, então você deve rodar dentro do ambiente changeroot totalmente montado (esteja ciente de / proc & dev / changeroot)
# update-initramfs -u -k all
Não tenho certeza sobre o uso do jfs como sistema de arquivos raiz, mas isso deve funcionar bem.
[1] link