Se cada aplicativo estiver usando um nome de host virtual diferente,
apenas certifique-se de um arquivo de log por host virtual
Além disso, você pode usar o caminho da URL
SetEnvIf Request_URI /SOME_PATH_1 apps_1
SetEnvIf Request_URI /SOME_PATH_2 apps_2
CustomLog logs/apps_1.log env=apps_1
CustomLog logs/apps_2.log env=apps_2
Deve haver algumas variáveis de ambiente global que identificam exclusivamente cada aplicativo. .
Além disso, você pode considerar definir o tempo limite de script mais baixo.
Anexar o tempo de processamento para cada solicitação do apache no arquivo de log também pode ser útil.