Isso é muito estranho. Também usamos o ODBC, incluindo várias versões do SQL Server, e nunca vi isso acontecer. Definitivamente soa como um bug do MS.
Isso acontece quando você instala manualmente o SQL Server 2008 Express também? Pode ser algo que você está fazendo com a instalação por script.
Talvez você possa tentar apenas executar o instalador do Sql 2005 Native Client depois de instalar o SQL 2008 R2 express? Não deveria quebrar nada. Se já estiver instalado, ele não deverá fazer nada e, se não for, instalará os drivers ODBC ausentes.