Não tenho uma resposta definitiva, mas passei bastante tempo pesquisando sobre esse problema. AFAIK, se você usar o painel de controle CopSSH, não poderá editar manualmente o sshd_config. Não parece usar um modelo que permita fazer alterações que seriam usadas pelo painel de controle.
Então, basicamente, você tem que aceitar o que o painel de controle do CopSSH faz por você, ou manualmente, manter suas contas e toda a configuração.