Isso pode acontecer se você ainda estiver carregando o mod_python no mesmo Apache e o mod_python tiver sido compilado para versões diferentes ou o mod_python estiver sendo vinculado estaticamente ao Python.
Este e vários outros problemas que podem surgir são documentados no wiki mod_wsgi.
Verifique isso. Certifique-se também de definir a diretiva 'LogLevel' como, pelo menos, 'info', em vez de 'warn'. Isso fará com que o mod_wsgi registre mais sobre o que está fazendo.