Eu tenho o mesmo erro depois de executar um gem pristine --all para me livrar das mensagens irritantes de depreciação introduzidas com a última atualização de rubygems.
Depois disso, meu mod_passenger.so foi excluído, resultando nessa mensagem de erro (enganosa). Tente reiniciar o Apache, isso não será possível se você tiver o mesmo problema.
A solução foi executar novamente passenger-install-apache2-module . Depois disso, eu pude reiniciar o Apache e o erro desapareceu.