Eu desligaria a reciclagem depois de 29 horas (1740 minutos). É apenas o padrão, mas não é útil na produção. Se você precisar reciclar automaticamente, faça isso em um horário definido fora do expediente.
Os pools de aplicativos sobrepostos são perfeitamente saudáveis. Confira este vídeo recente na minha série Web Pro que o cobre.
Meu palpite sobre o que aconteceu é que algo tinha uma alça em um dos arquivos-chave do seu site e o IIS não podia obter permissões de execução nele. Ele provavelmente não apareceu até que o IIS liberou o arquivo durante a reciclagem e outra coisa assumiu.
Quando isso acontecer novamente (o que provavelmente ocorrerá, já que nada mudou), recomendo usar o Process Monitor e / ou o Process Explorer para descobrir qual arquivo está bloqueado. Ele deve aparecer pesquisando por 'negado' em uma captura do Process Monitor. Aqui está outro rápido vídeo sobre como usar o Process Monitor .