Sua melhor aposta é executar o Wireshark ou o tcpdump no cliente ou no servidor quando você estiver usando o FTP para tentar descobrir o que realmente está dando errado. Algo como o exemplo abaixo deve ser suficiente.
tcpdump -vv -w ftp_capture.log port ftp
Tente usar apenas o modo Ativo ou Passivo para ver se é um problema firewall . Tente um cliente FTP melhor, como o WinSCP ou o Filezilla. E finalmente, examine se você precisa usar o FTP. Existem opções muito melhores e mais seguras, como SCP / SFTP.