Eu vejo duas coisas possíveis que você deve analisar.
Primeiro, sempre que ouço alguém falar sobre alta carga de CPU, sem poder identificar nenhum processo ofensivo, a contenção de IO é meu primeiro palpite. Quando há alta contenção de E / S, os processos são empilhados em estado ininterrupto de suspensão, preenchendo o agendador de processos do sistema operacional com tarefas que estão ali apenas esperando que os dados sejam lidos ou gravados no disco. Os processos individuais não seriam mostrados como tendo alta carga de CPU. Você precisará examinar as estatísticas de desempenho do subsistema de disco que está atendendo essa VM para ver se algum ou mais dos possíveis afunilamentos de E / S estão sendo atingidos.
Em segundo lugar, você mencionou ter uma VM de 8 CPUs. Você tem certeza absoluta de que precisa de muitos núcleos? Você tem certeza? Ok, pergunte-se novamente se você realmente precisa deles. A razão disso é que, sob virtualização, vários núcleos não funcionam da mesma forma como se você estivesse executando em bare metal. O único momento em que sua VM obterá tempo de CPU no host será quando houver 8 núcleos disponíveis. Se 8 núcleos não estiverem disponíveis, você não recebe ciclos de CPU. Em um host com carga moderada, é desnecessário dizer que é muito mais difícil para o hipervisor programar o tempo de CPU para uma VM de 8 núcleos do que para uma VM de núcleo único. Por esta razão, eu recomendo ficar com um único núcleo a menos que seja 100% absolutamente necessário para o aplicativo, ponto em que eu posso alocar 2 ou no máximo 4 núcleos, nesse caso eu farei com certeza que não há muito mais acontecendo no host, para que o desempenho dessa VM não sofra.
Então - você pode ter um rootkit? Claro, possivelmente, e é melhor você fazer uma diligência para determinar se é ou não o caso. Se não, no entanto, você certamente tem outras coisas para ver.