Claro - por que eles não seriam capazes? Claro que nem é preciso dizer que eles só poderiam fazer backup de arquivos aos quais têm pelo menos acesso de leitura, e que precisarão de acesso de gravação para onde quer que estejam armazenando os arquivos de backup.
Não tenho certeza sobre as ferramentas GUI, mas tar -czf file.tar.gz /path/to/files
via cron geralmente é o que eu vejo sendo feito, ou possivelmente usando rsnapshot ou uma de suas variantes.