Fragmentação não é corrupção.
Por todos os meios, corrija a fragmentação ( optimize table table_name;
- seja avisado, isso bloqueará as tabelas durante a operação) - pode ser um grande contribuidor para sua carga enquanto os backups não estão em execução, bem como durante os backups.
Recomendo seriamente que o banco de dados seja executado em um sistema separado do servidor da Web, em vez de apenas obter servidores progressivamente mais massivos nos quais executar a pilha inteira. Deve ser muito mais fácil descobrir onde os gargalos existem em seu aplicativo e permitir que você aloque recursos mais especificamente (em vez de forçar o MySQL e seu servidor da Web a disputar a mesma RAM).