O comportamento que você denuncia parece seguir sua configuração de perto. Qual é o resultado esperado que você não está recebendo?
Se você deseja redirecionar domain.com/page
para www.domain.com/page
em vez de www.domain.com/domain.com/page
, o que parece sensato, remova este bloco:
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^www\.domain\.com$ [NC]
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/domain\.com/ [NC]
RewriteRule ^(.*)$ /domain.com/$1 [L]