Portanto, parece que o MongoDB 1.6.5 não funciona com a linha limite do nofile. Você precisa colocar ulimit -n X (onde X é o descritor de arquivo que você quer) logo após a palavra-chave do script.
script ulimit -n 60000 PORT=27027 ...
Eu acho que o método usando o bloco de pré-inicialização é para versões posteriores do MongoDB.
Além disso, o MongoDB tem um limite rígido de 20.000 conexões, portanto, não importa se você definiu descritores de arquivo mais altos que isso.
Outra coisa aprendida: iniciar e parar usando scripts upstart não é o mesmo que REstarting. Iniciar e parar jogou erros no comando limit nofile, enquanto o reinício não.