Os MT's são PCI-X, os PT's são PCI-e.
Nenhum dos recursos de offload do iSCSI oferece hardware, portanto, a placa PCI-e mais rápida seria a melhor dentre as duas, embora na verdade você deva escolher essas no tipo de slot antes de tudo.
Se você quiser o descarregamento iSCSI, eu usaria um dos adaptadores de servidor I340.