A mensagem de erro está sendo acionada ao executar update-grub. Ele chama o os-prober para determinar se você possui algum sistema operacional alternativo instalado. A mensagem ocorre porque uma montagem UFS falha porque as partições que estão sendo investigadas não estão no formato ufs.
O erro pode ser ignorado com segurança.
Um bug contra o os-prober está aberto nesta questão, link