Sim, embora seja necessário algum trabalho se você fizer isso com um gerente de embalagem. É provável que a melhor abordagem compile a partir da origem neste caso, para que você possa controlar onde tudo vai com o argumento --prefix a ser configurado. Ao iniciá-los, você terá que garantir que eles também estejam ouvindo em portas diferentes.
Não há nenhum motivo para você não poder fazer isso, você só precisa ter certeza de que eles não vão pisar um no outro.