Mudar para outra distribuição (Kubunto para Ubuntu Mate) não resolve este problema. No entanto, instalar o kernel 4.4.8 parece corrigir este problema (testado algumas vezes no Mate). Não sei se é persistente ou se tenho sorte cinco vezes seguidas. Eu não testei no kubuntu, mas o resultado deve ser o mesmo. No entanto, suspender leva muito mais tempo do que em 14.04 (até 15 segundos em 16.04, quase instantâneo em 14.04). Obrigado a todas as pessoas envolvidas em encontrar resposta para esta pergunta.