Você precisa executá-lo como o usuário cuja sessão VNC deseja iniciar. Você provavelmente também precisará definir $HOME para encontrar o diretório .vnc . Tente algo ao longo das linhas deste:
service vnc
{
protocol = tcp
socket_type = stream
wait = no
user = someuser
server = /usr/bin/env
server_args = HOME=/home/someuser /usr/bin/Xvnc -geometry 1000x700 -depth 24 -broadcast -inetd -once -securitytypes None
}
Você provavelmente também deseja outras configurações de ambiente; provavelmente source ~/.bash_profile em xstartup , e você também pode precisar definir $USER explicitamente.