@Ignacio diz que pare de usar o kill -9. Aqui está o porquê:
As tabelas MyISAM mantêm a contagem de identificadores de arquivos abertos para a tabela MyISAM. Se o mysqld apenas morre sem um processo de desligamento, essa contagem permanece como está. Para remover sua pegada, você pode fazer uma das duas coisas:
Por exemplo, se a tabela MyISAM for mydb.mytable
Opção 1
Enquanto o mysqld está desligado,
cd /var/lib/mysql/mydb
myisamchk -r mytable.MYD
Opção 2
Com o mysqld em execução, faça
CHECK TABLE tblname;
REPAIR TABLE tblname;