Poucas coisas -
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Parece que seus outros sites estão cometendo erros porque algo ou o outro que eles estão usando podem ser instalados no Site padrão que você excluiu. É possível que esses componentes estivessem sendo usados como subdiretórios, etc. Verifique isso. Se esse for o caso, corrigir os outros sites não exigirá a restauração do Site padrão e você poderá mover essas pastas para outros aplicativos do site e remapear os URLs para que tudo funcione novamente.
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Para restaurar seu site padrão, siga as instruções passo a passo neste site:
Como recriar o site padrão no IIS 7 e acima
Você basicamente precisará criar um novo site e executar um comando adsutil.vbs para alterar seu ID para "1". E reinicie o IIS.
Observe que depois de seguir as etapas no artigo vinculado acima, você precisará adicionar manualmente as vinculações conforme o ponto 2 (somente site padrão) em "Resolução" neste link:
Espero que ajude!