Esse mapeamento está lá por padrão no IIS7. Ambos * .asp e * .cer são mapeados para asp.dll. Eles são as únicas duas extensões mapeadas para o ASP clássico por padrão.
Não tenho certeza do motivo do padrão .cer. É obviamente algo legado para o ASP Clássico, mas eu pessoalmente não precisei chamar uma extensão .cer diretamente no ASP Clássico.
Com base na sua situação, eu diria que você deve remover o mapeamento .cer e testar se o site ASP clássico ainda funciona. Em caso afirmativo, certifique-se de remover esse mapeamento em todos os seus servidores novos e existentes.
Ele não abre nada mais do que o .asp, contanto que você não deixe arquivos .cer dentro do caminho do seu site. Mas, seu exploit em particular alavancou a extensão .cer, portanto, seria sensato remover qualquer porta possível que eles usariam.