Primeiro de tudo, pare o mysql & backup / var / lib / mysql ou onde quer que os arquivos de dados estejam no seu sistema.
Então, a partir de um mysql limpo, instalar em outro lugar tar / var / lib / mysql / mysql e colocá-lo no sistema quebrado.
Em seguida, adicione novamente seus usuários & permissões.
Claro que se você fez o backup do banco de dados mysql, você pode fazer isso mais rapidamente.